문제의 원인은 .gitignore 파일이 repository 내에 여러개가 있을때 발생한다.
.gitignore 파일을 최상단에 하나만 유지하고 그곳에 잘 적도록 하자.
나는 github에서 레포지토리를 삭제한 다음
하위폴더 내 .gitignore 파일과 .git 폴더를 모두 삭제시키고 최상단의 .gitignore를 다시 작성한 다음
레포지토리를 다시 만들고 push 하는 것으로 문제를 해결했다.
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